GASでgetValuesを使用してデータを取得したときに、ログにLogging output too large. Truncating output.と表示され、想定しているデータよりも少ない量のデータのみがログに表示されることがあります。
getValuesで取得できるデータ数に上限があるか？という話です。
結論：データ制限はない
結論から言うと、getValuesで取得できるデータ量に制限はありません。
制限として設けられているのはGASの実行時間の最大が6分ということです。この時間内に処理が終わるのであれば、getValuesで大量のデータを取得しようとしても問題なさそうです。
（参考）Google App Script 無料版と有料版の制限の違い
Logging output too large. Truncating outputとは何か？
Logging output too large. Truncating output.は単に「ログに出力するには長すぎます。出力の一部を切り詰めます」という意味です。
実際のデータを切り詰めるわけではわりません。
「truncate」はあまり見慣れない英語ですが、文字を切り詰める、数字を切り捨てるといった意味です。読みは「トランケット（trʌ́ŋkeit）」です、
確認するには？
データが本当にあるかどうかを確かめたければforEachなどを使って、getValuesで取得したデータの中身を1つ1つ確認してみるといいでしょう。
参考にコードを載せておきます。
//getValuesでデータを取得
let judgeVals = sheet.getRange( 1, judgeCol, targetEndRow - targetStartRow, 1 ).getValues();
console.log(judgeVals); //ログの出力は途中で切れます
//forEachで取得したデータの中身を確認
judgeVals.forEach( ( x, index ) => {
console.log(index, x);
}きちんとデータが取得できているのに処理が上手くいかないとなれば、処理の記述が間違えています。デバッグしてみましょう。
